几乎所有的原水都含有微生物，但零星的微生物未形成菌落，并不构成微生物污染的威胁。引起反渗透膜的生物污染的因素不是孤立的，涉及因素很多，如水源、温度、季节、处理方式、运行条件、膜的化学成分、膜的表面状态以及隔网尺寸、形状、预处理、管路设备连接结构等。以地下水为水源的反渗透系统在膜表面产生微生物是近来出现的一个新问题。通常认为，就反渗透给水处理而言，只对地表水才需采取生物杀菌处理。但近来频频发现来自地下的原水对膜的污染，甚至在含有游离氯的条件下还存在生物膜，即使增大余氯量，也对之无影响。预处理系统被污染后往往成为反渗透膜生物污染源之一。预处理系统被微生物污染后，不易得到彻底、有效的清洗，即使反渗透膜经清洗后，又会被来自预处理的污染物所污染，甚至 2-3 天就要清洗一次。 

反渗透膜表面和给水流通隔网上的污染相互影响。当膜的水通量不是很高，给水流速较低时，细菌群落栖息于隔网上而形成粘泥，隔网阻力便会增大，使细菌进一步在膜表面发展。当膜的水通量过高时，细菌群落便会沉落于膜上，菌落也会逐渐沉积于隔网上。两种情况均会使给水通路减小，压降升高，产水量下降。